Integró el directorio de la compañía por más de 50 años.

Blaquier estaba procesado por delitos de lesa humanidad en Jujuy, en lo que se conoció como “La Noche del Apagón”, entre el 20 y el 27 de julio de 1976, en los inicios de la dictadura militar a cargo de Jorge Rafael Videla, con secuestros y desapariciones.

Tanto Blaquier como el exadministrador de la empresa, Alberto Lemos, habían sido procesados como partícipes necesarios del operativo de arrestos ilegales de 400 personas en 1976.
En 2021 la Corte Suprema resolvió dejar sin efecto las sentencias de la Cámara Federal de Casación que revocaron los procesamientos de Blaquier y Lemos.
El empresario debía ser juzgado pero finalmente no llegó a someterse al proceso, porque el Tribunal Oral Federal de Jujuy decidió por mayoría “suspender la tramitación de la causa” respecto a Blaquier “por incapacidad mental sobreviniente”.
La Justicia tomó esta decisión después de ordenar la realización de una junta médica para un peritaje psiquiátrico y exámenes complementarios sobre la salud de Blaquier, que había sido declarado no apto para afrontar un proceso penal en instancia de debate.